Выбор используемого топлива зависит только от его стоимости и доступности для заказчика. Индивидуальны проект энергокомплекса позволяет делать топки адаптированные под наиболее эффективное для заказчика топливо, в том числе кек, мазут, дизельное топливо, сопутствующий газ, отработанное масло, щепа. Для повышения калорийности горения топлива, которое по сути составляет промышленные отходы, применяются прогрессивные технологии сжигания.
В большинстве случаев в энергокомплексе применяются механические топки слоевого сжигания каменного угля рядовых сортов. В случае применения низкокалорийных сортов топлива энергокомплексы оснащаются топками с кипящим слоем с наклонной колосниковой решёткой. Это создаёт в нижней части решётки зону газификации низкокалорийного топлива и повышения эффективности топки за счет периодической задержки топлива на решётке. В результате применения происходит интенсивный прогрев топлива с просушкой, благодаря чему повышается его калорийность.